Az 1894-ben alapított Magyar Királyi Folyam- és Tengerhajózási Rt.-t (MFTR) az addig kizárólagosságot élvezõ osztrák Duna Gõzhajózási Társaság versenytársaként hozták létre. Az elsõ világháború végén a hajópark 482 úszó egységbõl állt. Ebbõl a harcok során elsüllyedt 40 darab, a háború után elkoboztak, illetve a szerbek, franciák, románok és a csehek között felosztottak 197 magyar hajót.

A két világháború közötti idõszakban az ország vezetése kiemelten kezelte a hajózás fejlesztését. 1928-ban megnyitották Csepelen a Budapesti Vámmentes Kikötõt. A harmincas évek közepétõl, a gazdasági válság traumáját kiheverve fellendülõben volt a belföldi és a nemzetközi személy- és áruforgalom. 1933-ban a Koronatanácsban napirendre került a Duna-tengeri hajózás megindítása annak érdekében, hogy Budapest a kontinens belsejében is tengeri kikötõvé válhasson. Már 1933 végén elkezdték az elsõ Duna-tengerjáró hajó építését a Ganz hajógyárban, 1936-ban pedig megalakították a Magyar Királyi Duna-tengerhajózási Rt.-t (DTRT). A második világháború során mindkét társaság hajóparkját súlyos veszteségek érték.

Az 1945-ben kötött magyar-szovjet gazdasági egyezmény elõirányozta egy közös hajózási társaság alapítását. 1946-ban a MFTR feladatkörét a Magyar-Szovjet Hajózási Rt. (Meszhart) vette át, amely a MFTR és a DTRT teljes hajóparkjából, valamint egyes olyan német vállalatok hajóegységeibõl alakult meg, amelyek a potsdami konferencia határozata értelmében a Szovjetunió tulajdonába kerültek. Fentieken túl a magyar állam bérbe adta a Meszhartnak a csepeli Szabadkikötõt.

A Szovjetunió 1954-ben valamennyi magyarországi vegyes tulajdonú vállalatban lévõ részesedését átadta a magyar félnek, így a Meszhartból megalakult a Mahart, amelybe nem sokkal késõbb a Balatoni Hajózási Vállalat is betagozódott. Hajóparkja 1959-ben 52 vontató és áruszállító motor- és gõzhajó, 240 uszály, 52 személyszállító hajó volt. 1967-ben gazdaságtalansága miatt megszüntették a Duna-tengerhajózási profilt, viszont lendületes fejlõdésnek indult az önálló tengerhajózás. Ennek fénykora az 1977-1983 közötti idõszak volt, akkor a társaság 21 hajója járta a világot. A nyolcvanas években a tengerhajózási piac átalakult, s az évtized közepétõl a sorozatos hajóselejtezések, illetve eladások lettek jellemzõek, s ma már nincs tengerjáró a Mahart tulajdonában.

Jelenleg a dunai folyamhajózás is mélyponton van. Egy évtized alatt az al-dunai hajózárlat miatt negyedére csökkent a nemzetközi áruszállítás. A bõsi erõmû miatt a Duna jelentõs magyarországi szakaszán a vízállás alacsony, a folyómeder szükséges kotrása pénzhiány esetleges, s a cég az 1992-ben elkészült Duna-Majna-csatornával megnyílt lehetõségeket sem tudja kihasználni az ahhoz szükséges hajópark híján. A társaság privatizálása hosszabb ideje napirenden van. Az elképzelések szerint 50 százalék plusz egy szavazat maradna tartós állami tulajdonban.